Vào ngày 8 tháng 9, Trung tâm Cảnh báo bão Liên hợp (JTWC) đã ban hành một Cảnh báo Hình thành Cơn bão Nhiệt đới cho một khu vực đối lưu cách 155 km (96 dặm) về phía tây của Guam ở phía tây Thái Bình Dương. Theo cơ quan, lưu thông đã nhanh chóng củng cố cùng với các dải mưa bị phân mảnh. Vào lúc 18:00  UTC đêm đó, Cơ quan Khí tượng Nhật Bản (JMA) đã phân loại hệ thống này thành một áp thấp nhiệt đới. Vào ngày hôm sau, JTWC đã phân loại nó là áp thấp nhiệt đới 16W. Vào thời điểm đó, hệ thống non trẻ đã di chuyển chậm từ tây sang tây bắc qua một vùng cắt gió thấp, được điều khiển bởi các rặng núi ở phía bắc và tây nam. Tăng đối lưu nhưng bị phân mảnh, hoặc giông bão, được thúc đẩy bởi nhiệt độ nước ấm bất thường và chảy ra từ phía nam. Vào lúc 06:00 UTC ngày 10 tháng 9, JMA đã nâng cấp nó lên thành bão nhiệt đới Meranti, uốn khúc theo hướng riêng của nó trong khi củng cố.

Cắt gió phía bắc chuyển dịch đối lưu sâu nhất về phía nam lưu thông của Meranti, mặc dù các dải mưa và một u ám dày đặc trung tâm tiếp tục phát triển khi gió cắt giảm. Vào đầu ngày 11 tháng 9, phong trào của cơn bão đã ổn định về phía tây-tây bắc, phía nam của sườn núi. Vào lúc 06:00 UTC ngày hôm đó, JMA đã nâng cấp Meranti lên trạng thái bão, và ngay sau đó JTWC tuân theo. Cấu trúc của cơn bão tiếp tục được cải thiện, với dòng chảy tăng lên. Một con mắt nhỏ 9 km (5,6 mi) được phát triển trong các cơn giông bão xoắn ốc, báo hiệu rằng Meranti đang tăng cường nhanh chóng. Vào lúc 06:00 UTC ngày 12 tháng 9, JTWC nâng cấp Meranti thành một cơn bão lớn, với vận tốc gió tối đa 1 phút là 240 km/h (150 dặm một giờ). Sáu giờ sau, JTWC ước tính 1 phút duy trì gió dài 285 km/h (tương đương 180 mph), tương đương với Hạng 5 trên thang Saffir-Simpson, trong khi ghi nhận "một môi trường cực kỳ thuận lợi", và mắt đã trở thành thậm chí đối xứng hơn trong đối lưu dữ dội. Dòng chảy được tăng cường bởi một cơn lốc xoáy mạnh mẽ trên Meranti thúc đẩy sự tăng cường, và cơn bão đạt đỉnh cường độ vào ngày 13 tháng 9 trong khi đi qua eo biển Luzon.

JMA ước tính đỉnh cao 10 phút duy trì gió là 220 km/h (140 mph) và áp suất khí quyển tối thiểu 890  hPa (mbar; 26,28  inHg), trong khi JTWC ước tính các cơn gió dài 1 phút duy trì 315 km/h (195 mph). Dựa trên ước tính áp suất JMA, Meranti là một trong những cơn bão nhiệt đới mạnh nhất. Ước tính gió của JTWC khiến Meranti trở thành cơn bão nhiệt đới mạnh nhất theo tốc độ gió trên toàn thế giới trong năm 2016, vượt qua cơn bão lốc Winston, có gió lớn 285 km/h (180 dặm / giờ) khi nó tấn công Fiji vào tháng Hai. Cuối ngày 13 tháng 9, cơn bão đổ bộ vào 83 km 2(32 sq mi) đảo Itbayat ở tỉnh Batanes của Philippines ngay sau khi đạt được cường độ đỉnh, với gió là 305 km/h (190 dặm một giờ). Vào khoảng 03:15 CST ngày 15 tháng 9 (19:15 UTC ngày 14 tháng 9), Meranti đâm sầm vào Quận Xiang'an, Hạ Môn ở Phúc Kiến, Trung Quốc với sức gió kéo dài 2 phút 187 km/h (116 dặm một giờ), khiến nó trở thành cơn bão mạnh thứ hai từng rơi vào tỉnh Phúc Kiến của Trung Quốc.